2016年12月9日上午，全国基层卫生技能竞赛进入“城市全科医疗”、“农村全科医疗”、“社区护理”三个个人项目决赛阶段。根据竞赛评分标准，个人总成绩由综合考试成绩（30％）、操作技能成绩（40％）、知识竞赛决赛成绩（30％）构成。3个项目一等奖选手将被授予“2016年全国基层卫生技能标兵”称号，二等奖选手将被授予“2016年全国基层卫生技术标兵”称号，总成绩第一名的3名选手将作为“全国五一劳动奖章”候选人，并获得由吴阶平医学基金会提供的３万元奖金。

下午举行团体项目决赛。团队总成绩由三部分组成，操作技能成绩（40％）、情景再现成绩（10％）、知识竞答决赛成绩（50％）。团队总成绩第一名的３名选手所在机构将作为“全国工人先锋号”候选机构，每人将获得由吴阶平医学基金会提供的３万元奖金。另外，按照团队总成绩从高到低顺序，将从中西部地区遴选一支来自社区卫生服务中心和一支来自乡镇卫生院的全科团队，由中国社区卫生协会为其赠送“全科医生实训考试系统云平台”。

决赛期间，腾讯视频和基层卫生服务平台等将进行视频现场直播。“健康中国”微博、中工网、中国社区卫生协会微信、中国社区健康网等进行图文直播。